Le Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l'Innovation (MESRI) est en charge de la préparation et la mise en œuvre de la politique du Gouvernement relative au développement de l’enseignement supérieur, à la recherche et à la technologie. Il assure la tutelle des établissements d’enseignement supérieur (grandes écoles, universités et IUT, CNOUS et CROUS) ainsi que des organismes de recherches (EPST, EPIC, EPCA, GIP, fondations).
Le CNESER (Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche) assure la représentation des établissements public à caractère scientifique, culturel et professionnel (E.P.S.C.P.). Les personnels et les étudiants sont élus au scrutin secret et par collèges distincts. Le Conseil veille également aux grands intérêts nationaux, notamment éducatifs, culturels, scientifiques, économiques et sociaux, dont les représentants sont nommés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche.
Le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (Hcéres) est l’autorité administrative indépendante chargée d’évaluer l’ensemble des structures de l’enseignement supérieur et de la recherche, ou de valider les procédures d’évaluations conduites par d’autres instances. Par ses analyses, ses évaluations, et ses recommandations, il accompagne, conseille et soutient la démarche d’amélioration de la qualité de l’enseignement supérieur et de la recherche en France.
La Commission des Titres d'Ingénieur est un organisme indépendant. Son rôle est d'évaluer périodiquement les formations d'ingénieurs dans le but de leur accréditation à délivrer un titre d'ingénieur diplômé.