Le MESR est constitué du cabinet du/de la Ministre, variable au gré des changements politiques, et de différentes directions générales qui elles sont constituées de fonctionnaires et affiliées à des thématiques plus spécifiques. Ce ministère est parfois rattaché au ministère de l’Education Nationale et représenté par un ou une Secrétaire d’Etat, ceci au gré des gouvernements.
Parmi les directions générales se trouve la Direction Générale de l’Enseignement Supérieur et de l’Insertion Professionnelle (DGESIP). Sa mission est d’élaborer et de mettre en œuvre la politique relative à l’ensemble des formations supérieures, initiales et tout au long de la vie, relevant du ministre chargé de l’Enseignement supérieur.